1964年のFIFA裁定では、ワールドカップ出場権を獲得するためには、アフリカ地域の2回戦を勝ち抜いた3カ国がアジア地域の勝者とのプレーオフに出場しなければならないとされていた。
CAFは、アフリカ諸国がワールドカップで不公平に代表されていると感じ、FIFAに対し、次のワールドカップの決勝トーナメントに少なくとも1つのアフリカ諸国が出場することを保証するよう要求した。彼らはまた、南アフリカが1958年にアパルトヘイトを理由にアフリカ連盟（CAF）から追放されていたにもかかわらず、1963年にFIFAに再加盟したことにも抗議した。このボイコットの結果、FIFAは5000フランの罰金を科した。当時のCAF会長であったイドネカチェフテセマは、この罰金に対して次のように述べた。「FIFAはアフリカの協会に対して冷酷な態度をとっており、脅迫や弾圧の方法にも似た決定を下している。私たちの意見では、アフリカ協会は......。......本当に尊敬に値するものであり、罰金ではない"
1964年10月、他のアフリカ諸国からの圧力により、南アフリカはアジア・オセアニア予選グループに振り分けられたが、その後、再び追放され失格となった。それにもかかわらず、FIFAが予選形式の変更を拒否したため、アフリカのチームは、少なくとも1つのアフリカのチームがワールドカップへの出場権を確保するまで、ワールドカップから撤退することを決定した。植民地時代のアンゴラとモザンビークはポルトガルに参加した。
1966年のワールドカップには、ピクルスという名の犬というちょっと変わったヒーローがいた。ワールドカップを前に、ジュール・リメのトロフィーが展示会場から盗まれたのだ。このトロフィーの捜索は全国に及んだ。その後、犬がロンドンの茂みの下で匂いを嗅いでいたところ、新聞紙に包まれたトロフィーが発見された。サッカー協会は、オリジナルが間に合わなかった場合に備えて、レプリカのカップを製作した。レプリカは、ピクルスの首輪とともにマンチェスターの国立サッカー博物館に展示されている。
1966年大会のマスコットは「ワールドカップ・ウィリー」で、「ワールドカップ」の文字が刺繍された英国国旗のジャージを着たライオンだった。これはワールドカップ初のマスコットであり、主要なスポーツイベントに関連した最初のマスコットの1つであった。ウィリーのデザインは、フリーランスの絵本イラストレーター、レジ・ホイエによるものである。公式試合球は、この大会のためにスラゼンガー社が製作した。
何十年もの間、西ドイツは多くのスポーツでドーピング文化を奨励し、隠蔽してきた。1950年から現在までのドーピング」と題されたこの報告書は、1966年にワールドカップ決勝に進出した西ドイツ代表チームとドーピングを結びつけている。
