2011年夏、コンテはユベントスの指揮官に就任し、クラブに新たな息吹を与えた。2011-2012年シーズン、ブッフォンはセリエA35試合で21のクリーンシートとわずか20失点を記録し、ユベントスの無敗優勝に貢献した。しかし、PKの判定が物議を醸し、ユベントスは優勝から遠ざかってしまった。ACミランとの試合では、ムンタリのヘディングシュートをブッフォンが弾き、スローモーションで見るとボールはゴールラインを越えていたが、VARがまだ普及していなかったため、主審はPKを与えなかった。試合は1-1の引き分けに終わり、ミランはこの重要な一戦をものにできず、ユベントスはライバルを抑えてタイトルを獲得した。
その後、タグリアヴェント主審は明らかな誤審であったことを認め、ミランの歴史を塗り替えたと考える者さえいる。ミランのベテラン、ノチェリーノは「あの瞬間がミランの未来を変えた。もしムンタリのゴールが有効で、ミランが勝っていたら、イベやチアゴ・シウバといったスター選手はシーズン終了後に戻ってこなかっただろうし、クラブはもっと投資していただろう。ゴールは亡霊のように消え去り、ミランの歴史を変えた。"注目すべきは、この事件の当事者であるブッフォンが、そもそもボールがゴールラインを越えたことを認めず、試合後に「たとえボールがゴールラインを越えたことを知っていたとしても、私は言わなかっただろう。自分のチームに不利なことはしない。"
2012年夏、ブッフォンはイタリア代表をヨーロッパカップに導いた。カンナバーロが2010年ワールドカップを最後に引退したため、ブッフォンはイタリア代表のキャプテンを引き継いだ。ユーロ2012でのブッフォンの活躍は目覚ましく、特に準決勝のドイツ戦では、重要なシュートを何度も弾き、イタリアを決勝に導き、ドイツを2-1で下した。しかし、決勝でイタリアは強豪スペインと遭遇し、ついに0-4で敗れ、準優勝となった。
2012-2013シーズン、ジャンルイジ・ブッフォンはピエロの後を継いでユベントスのキャプテンを務め、チームを率いてセリエAのタイトル防衛に成功した。2014年夏、ブッフォンは再びイタリア代表を率いてワールドカップに出場し、これが最後のワールドカップとなった。イタリアはイングランド、ウルグアイ、コスタリカとともに死のグループに入った。ブッフォンは負傷のためイングランドとの初戦を欠場し、グループリーグ第2戦のウルグアイ戦では復帰して4つの重要なセーブを決めるなど好プレーを見せたが、それでもチームの連敗を止めることはできず、イタリアはグループリーグ3位に終わり、2大会連続でグループリーグ敗退となった。
ブラジル・ワールドカップでの敗退を経験したブッフォンの最初の結婚は、2014年に終わりを告げた。アレーナ・セレドヴァと離婚し、結婚生活はわずか3年で終わった。2014-2015シーズン、コンテの後任としてユベントスの新監督に就任したアッレグリは、リーガ・エスパニョーラの強豪バルセロナを相手にチームを12年ぶりのチャンピオンズリーグ決勝に導いた。当時、バルセロナはメッシ、スアレス、ネイマールのMSNコンビを擁しており、決勝ユベントスは1-3でバルセロナを破り、準優勝した。
2016年1月、ブッフォンとイリア・ダミーコの間に息子が生まれ、ブッフォンの三男となった。2017年夏、2人は婚約した。ブッフォンが前妻アレーナ・セレドヴァと離婚する前、ブッフォンとイリア・ダミーコがプライベートで浮気し、逢瀬を重ねていたという噂があり、ブッフォンの浮気がアレーナ・セレドヴァとの結婚生活の破局につながったことは特筆に値する。
